瘟疫，或者说大瘟疫，并非像小病小灾那样简单，我们不应仅仅将其归咎于误诊和治疗不当。
“人城医药灾难”一词最早出现在袁昊文为李东源（李高）所作的《脾胃论》所作的序言中，此后从未在其他地方出现过。现在这被认为是虚假宣传！
中国历史上曾发生过著名的“人城医药灾难”，但那是一起不公正的案件。
即便误诊误治，也只能造成一小片区域的死亡，怎么可能造成90万人死亡？就算汴京有1个医生，甚至100个医生误诊误治，难道真的误诊误治了吗？晋元时期，中医非常发达，比现在强好几倍！难道其他人都是傻子吗？难道只有你李高医术高明？如果你治好了一群人，京城的官员难道不会立刻请你统领全局，亲自诊治百姓吗？
那的确是一场大瘟疫，当时无人能治，所以事后不要妄自尊大，也不要炫耀自己的功绩。李东元和张仲景一样，反思前人治疗的无效之处，总结出无效的原因，从而发现了一些当时可以用来治疗疾病的方法，这也为他们的著述奠定了基础（说得不好听，就是踩着别人的尸体建立自己的学术），但也不能说他们都是误诊误治。当时，大家都是按照仲景的《热病论》治病，没有人敢突破。你，李东元，已经取得了突破，所以不能害人。
每一次瘟疫过后，都会涌现出一批伟人。例如，东汉末年持续51年的瘟疫之后，《热病论》便应运而生；汴京瘟疫催生了《脾胃论》；柯氏的《瘟疫论》则开创了热病学派。由此可见，不同时代、不同气候、不同病因，都需要结合五运六气来防治疾病或瘟疫。然而，第一个突破常规、发现病因的人却极为罕见，这样的人几朝一朝难遇，并非人人都能成为这样的人。
晋末元初的汴京鼠疫持续两个多月，造成一百多万人死亡。由于当时医学水平有限（尚未发现微生物），医生们大多将其视为外感病，误诊为“伤寒”。曾亲身经历汴京鼠疫的名医李东元，后来著有《辨别内外伤》一书，认为汴京鼠疫并非外感病，而是饮食和疲劳造成的内伤。许多人因医生误诊误治而丧命。他的好友，著名诗人兼名医袁昊文，在其为李东元所作的《脾胃论》序言中直言，汴京鼠疫是“仁臣药害”。如果当初遵循李东元的医方，就不会有那么多人丧命。
从今天的角度来看，这显然是一起不公正的案件。什么样的饮食和疲劳会导致数百万人死亡？李东元的知识水平不如当时的普通医生，毕竟他们也知道这是一种外感性疾病。
事实上，李高对这场流行病的性质有自己的判断，认为这是群体内部因“饮食不当和过度劳累造成的伤害”而引起的伤害。然而，许多学者对这个答案并不满意，认为这无法解释短时间内如此多人的死亡，因此他们试图从现代流行病学中寻求突破。
汴京瘟疫最显著的影响是河南人口的急剧减少。这场瘟疫造成超过90万人死亡，还不包括那些“无法安葬的穷人”。正如前文所述，当时“病死人接踵而至。京城十城两城，每天每城送来两千多人，少数人也不少于一千”。另一方面，肆虐的瘟疫引发了严重的社会恐慌。即使是那些没有感染的人，也想尽快逃离这座“死城”。
暂且不论董元先生对汴京疫情性质的诊断是否准确，他亲历汴京疫情后所著的《辨别内外伤疑难》一书，的确是中医文化的瑰宝，至今仍指导着临床实践。该书详细区分了外感病因和内伤，强调了脾胃功能波动在内伤发展中的重要性，并创制了一系列补益方剂，例如补中益气汤，为日后李氏脾胃理论和“阴火”理论的发展奠定了基础。元代著名医学家王鲁曾说：“我查阅丈夫李东元的著作，辨别内外伤，其中说，外伤、风寒、邪邪过盛所致之病，应以不合时宜的腹泻治疗；内伤则应以食劳不足为治。此理论由此流传开来，后世世代也逐渐了解内外伤的区别。然而，钟经之法却不能作为例证。”
明代王伦也曾评论道：“外感用于中经，内伤用于东原，发热用于合脘，杂症用于丹溪。”范行准认为，《辨别内外伤疑难》“实乃对这一大悲剧的延续”。“大错”一词则有些极端，在某种程度上抹杀了李高的医学成就。
中华人民共和国成立后，许多专家重新审视了这场瘟疫。他们结合现代西方医学理论，质疑李高提出的内伤致死论：饮食不当造成的身体损伤怎么可能在不到三个月的时间内就出现？数百万人同时死亡又该如何解释？瘟疫的罪魁祸首必然是某种严重的传染病，最有可能的就是鼠疫。
从症状上看，汴京瘟疫患者有“发热”、“咳血”和“呕吐”的症状，而肺鼠疫的临床症状包括“高热、寒战、胸痛、咳痰，痰呈黏液、火热、血性泡沫状”。两者非常相似。
一些专家也认为汾京疫情属于传染性肝炎，原因如下：
首先，其发病率高，且感染病例在短时间内集中发生在同一地点，这符合传染性肝炎的特征。1988年，上海爆发的甲型肝炎疫情在两个月内造成30万人感染。
其次，疫情爆发的时间是在蒙古军队撤离之后，城里的食物供应充足，饥饿的士兵和平民开始自由进食，这符合肝炎通过食物传播的特点。
此外，一些患者表示，“胸部变黄”类似于肝炎黄疸的特征，“发烧”和“呕吐”也是肝炎的症状。
然而，肝炎的诊断也存在一些问题。根据病历记载，该患者出现大量痰液、咳嗽和呼吸衰竭等症状，这些症状与肝炎并不相符。患者的复杂症状应为急性全身性疾病。一些学者认为可能是钩端螺旋体病。