疫苗是大多数科学家赖以根除疾病的武器，但也有许多反疫苗组织强烈质疑被动免疫作为流行病预防手段的有效性，并对每一种疫苗都进行密切关注，乙肝疫苗也不例外；包括法国和英国在内的一些国家曾提议研究注射乙肝疫苗是否会导致多发性硬化症，但迄今为止，两者之间的关联尚未得出结论。专家仍然认为，乙肝病毒的危害远远大于疫苗的风险。
2002年，法国首次提出乙肝疫苗可能损害中枢神经系统，并增加患多发性硬化症的风险。当时，法国一度暂停了青少年乙肝疫苗的接种。台湾大学内科教授赖明阳表示，研究人员认为该疫苗会刺激人体免疫反应并激活免疫细胞，这可能导致脑部炎症和纤维化。
然而，随后包括世界卫生组织（WHO）和美国儿科学会在内的各方主动澄清。台湾大学医学院院长陈定新和台湾大学儿科学教授张美慧均指出，由于病例数量过少且证据不足，世卫组织呼吁各国不要暂停疫苗接种。因此，法国仅在第二天就恢复了青少年疫苗接种，而儿童疫苗接种则完全没有中断。
然而，今年9月，《神经病学》（Neurology）杂志发表了波士顿公共卫生学院Hernam博士对英国数据的分析，发现接种过乙肝疫苗的成年人患多发性硬化症的风险更高，是未接种疫苗者的3倍。张美慧表示，这项研究发现了163例病例，但只有11例符合多发性硬化症的诊断标准。病例数非常少，而且英国的乙肝疫苗只接种给高危人群和医务人员，代表性不足。
陈鼎欣强调，全球已有数亿人接种了乙肝疫苗，台湾的接种人数最多。迄今为止，尚未出现多发性硬化症病例。张美慧表示，自2000年以来，已有7篇关于多发性硬化症的论文发表，但与乙肝疫苗无关。事实上，与其他疫苗相比，目前基因工程乙肝疫苗甚至没有明显的发热反应，被认为是安全的。过去20年里，没有任何关于副作用监测的研究，这足以对疫苗推广政策构成真正的挑战。
评论
“这种所谓的乙肝疫苗对人民和国家都是有害的。我不知道我国自古以来有多少长寿村，那时候还没有疫苗，大家都很安全。”
“生活和工作，日出而作，日落而息，帝力和我有什么区别？现在看来科技进步了，医疗水平提高了，人们的寿命也延长了。但事实恰恰相反。”
“人们不仅寿命缩短、生活乏味，还受到西医的威胁，仿佛疾病是多么可怕，大家都忘记了我们身体有多么强大，而疾病的名称都是西医工厂制造出来的。”
“这种原本根本不存在的东西，现在却被人为地命名为一种疾病，这样他们就可以向所有人出售药物和疫苗。这种不道德的做法在台湾已被西方医学界禁止。”“
“在国务院的鼓励下，做台湾人真可悲，难怪会出现像本土政党这样奇怪的政党，它们会毁了国家。”
结论是：西方制药公司和卫生部门不断发布虚假数据，声称人类预期寿命有所延长，这完全是无稽之谈，就像选举前的民调一样，全都是胡说八道。
“政客们自己制造假新闻，制药公司也趁机捏造数据欺骗民众。这太糟糕了。”